Una compuerta lógica molecular es, en nanotecnología, una compuerta lógica a un nivel molecular. Actualmente se está dedicando mucha atención a la investigación para el desarrollo de este tipo de sistemas, y existen varios prototipos. Se los ha apodado moleculadoras debido a su utilidad potencial en operaciones aritméticas simples.
Las compuertas lógicas moleculares funcionan a través de señales de entrada basadas en procesos químicos, mientras que la señal de salida es de tipo espectroscópico. Uno de los primeros sistemas, basado en soluciones acuosas, aprovechaba el comportamiento de los compuestos A y B en el esquema 1.
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